Das Berliner Seminar dient dem Forschungsprogramm als verbindende Klammer, der Entwicklung innovativer Fragestellungen und eines gemeinsamen Forschungsstils. Am Berliner Seminar, das von den Mitgliedern des Kollegiums gemeinsam getragen wird, nehmen Fellows von Europa im Nahen Osten - Der Nahe Osten in Europa, Fellows des Wissenschaftskollegs zu Berlin, Hochschullehrer und Nachwuchswissenschaftler aus Berlin teil.
Es findet während des Semesters am Wissenschaftskolleg oder am Institut eines beteiligten Wissenschaftlers in Berlin statt. Auf der Grundlage der einer Diskussion von Forschungsarbeiten der Teilnehmer sollen im Seminar Querschnittsfragen debattiert werden, die mit der Agenda von Europa im Nahen Osten – Der Nahe Osten in Europa zusammenhängen.